GO功能注释及富集分析

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北京百泰派克生物科技有限公司

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蛋白质组学鉴定服务，代谢组学服务，蛋白质测序服务等

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生物检测多肽合成服务代谢组学服务生物制药分析流式多因子检测从头测序蛋白质组学服务

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产品品牌：百泰派克

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GO（Gene Ontology）是基因本体联合会（Gene Ontology Consortium）所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准，适用于各物种。通过建立一套具有动态形式的控制字集（controlled vocabulary），来描述基因及蛋白质在细胞内所扮演的角色，从而来描述生物体中基因和基因产物的属性。GO数据库总共有三大类，分别是生物学过程（Biological Process, BP）、细胞定位（Cellular Component, CC）和分子功能（Molecular Function, MF），各自描述了基因产物可能行使的分子功能，所处的细胞环境，以及参与的生物学过程。GO数据库中一个基本的概念是节点，每个节点都有一个名称，比如“Cell”、“Fibroblast Growth Factor Receptor Binding”或者“Signal Transduction”，同时有一个编号，如“GO:nnnnnnn”。基于鉴定到的蛋白ID，采用mapping的方式从Uniprot数据库中得到蛋白质的GO数据库注释信息，对蛋白质进行功能分类注释。针对BP，CC和MF中所涉及的GO节点，列出所有相应蛋白质个数，同时分别对表达蛋白的二级分类情况做出统计图。 1. GO二级分类统计图

2. GO levels分类统计图

3. topGO 蛋白质富集分析 百泰派克采用topGO对差异表达蛋白进行富集分析，可以得到差异表达蛋白在GO节点中的富集显著性。并对显著富集的节点在GO体系中的层级关系以有向无环图的形式进行直观展示。topGO有向无环图能直观展示差异表达基因富集的GO节点（Term）及其层级关系，是差异表达基因GO富集分析的结果图形化展示，分支代表包含关系，从上至下所定义的功能描述范围越来越具体。在有向无环图中，箭头代表包含关系，即该节点的所有基因同样注释到其上级节点中。

百泰派克生物【biotech-pack.com】

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